يعتبر الانبا ابيفانيوس أحد تلاميذ القمص متى المسكين، حيث تولى رئاسة الدير عام 2013، حين أبدى الانبا ميخائيل مطران أسيوط رغبته في ترك منصبه كرئيس للدير، وذلك نظراً لتقدُّمه فى السن وبسبب صحته (93 عاماً حينها، حيث تم عمل اقتراع سرى فى بطاقة مختومة بخاتم الدير، وتم فرز أصوات الآباء الرهبان بدير أبو مقار (100 راهب)، والتى أدلوا بها في الدير يوم الأحد 3 فبراير 2013 لانتخاب رئيس للدير من بينهم.
تم الاقتراع فى حضور سكرتير البابا تواضروس، القمص أنجيلوس، وجاءت نتيجة الفرز اختيار الرهبان للأب الراهب القس إبيفانيوس المقارى بأغلبية الأصوات، حسب بيان قداسة البابا.
وقد أيَّد هذا الاختيار الانبا ميخائيل الذي كان يترأس الدير منذ حوالى 65 عاماً قبل وفاته، وذلك بتزكية مكتوبة استلمها الراهب إبيفانيوس باليد منه، وسَلَّمها بدوره إلى البابا تواضروس.
